1625年，一场瘟疫夺去了哈佛的父亲和4个兄弟姐妹后，母亲改嫁。他于1627年被父母送去伊曼纽尔学院（EmmanuelCollege，今天剑桥大学其中一个学院）学习，1631年毕业后又深造，于1635年取得硕士，随后被按立为牧师。1636年，哈佛与他大学同学的妹妹结婚，第二年飘洋过海于11月来到美洲新英格兰地区的查尔斯镇、即今天的马萨诸塞州波士顿地区，在该镇的教会任职助理牧师和教导长老。1638年9月14日，哈佛因肺结核去世，年纪还不到31岁，到查尔斯镇还不到一年。

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